Nació en Santa Helena (Antioquia), el 22 de octubre de 1943.

Sus primeros estudios musicales los realizó en el Instituto de Bellas Artes de Medellín. En 1951 se consagró a los estudios de armonía con el profesor Bohuslav Harvaneck y con él mismo siguió viola y violín. Tres años más tarde estudió armonía y contrapunto con el padre salesiano Andrés Rosa, quien entonces ejercía en Medellín.

Por esta misma época, perteneció a la banda departamental, encargado de los timbales. Luego viajó a Bogotá y se matriculó en el Conservatorio Nacional. Cursó armonía con Antonio María Benavides, contrapunto con el director del plantel, Fabio González Zuleta, morfología musical con Andrés Pardo Tovar y orquestación para banda con José Rozo Contreras.

Fue secretario del Centro de Estudios Folklóricos y Musicales del Conservatorio, y al mismo tiempo realizó interesantes investigaciones sobre etnomusicología.

En 1963 ganó, en concurso internacional, una beca para perfeccionar sus estudios en el Centro Latinoamericano de Altos Estudios Musicales del Instituto Torcuato Di Tella, de Buenos Aires. Allí fue alumno de Alberto Ginastera, director del Centro, de Aaron Copland, Olivier Messiaen, Ricardo Malipiero y otros músicos de fama internacional. Regresó a Colombia en 1968 para dedicarse al profesorado por cuenta de la Organización de Estados Americanos (OEA).

En 1970 se hizo cargo de la Dirección del Conservatorio de Popayán y a mediados de 1972 se posesionó como director del Conservatorio de la Universidad de Antioquia. En 1973 fue nombrado director del Conservatorio Nacional en Bogotá. En cuanto a su obra, Blas Emilio Atehortúa es autor de cinco estudios para piano, varias suites, fantasías, intermezzos y cuartetos. Su trabajo académico va desde los arduos ensayos en el Instituto de Bellas Artes, hasta sus conferencias y labor pedagógica en Colombia, Argentina, Venezuela y Europa.

Su música está más allá del concepto de música colombiana, pues él logra reunir los elementos de la música contemporánea (el dodecafonismo, el serialismo o el expresionismo), sin dejar de imprimirle a ella su formación, su inspiración post-romántica y, en el momento adecuado, el tinte nacionalista.